舰船搭配是无尽的拉格朗日的核心玩法，成功的舰队建立在明确的功能定位与协同基础上。一套完整的舰队配置通常需要涵盖输出、防御、修复、防空和载机五种基本功能类型，并根据实际拥有的舰船蓝图进行动态调整。舰船有前、中、后排的站位区别，防御能力强的舰船应置于前排承受伤害，保护中后排的输出与支援单位。需要留意敌方舰队构成与战场环境，例如敌方若以舰载机为主力，则需相应增加防空型舰船和对空战机的比例。理解每艘舰船的主武器攻击优先级（战斗序列），有助于在前排针对性部署防御舰种，从而有效保护己方高价值单位。指挥官应在有限的指挥值内，平衡各种功能舰船的数量，构建能抗能打、具备持续作战能力的综合舰队。
小型舰船如护卫舰和驱逐舰是舰队不可或缺的组成部分，尤其在游戏前中期或特定战术中扮演关键角色。它们造价相对低廉，建造与维修速度快，能够快速形成战斗力。装甲型护卫舰FG300和CAS066级巡洋舰因其出色的防御能力，常被用作可靠的前排屏障。而像刺水母护卫舰、斗牛级驱逐舰这类具备能量攻击或高额单发伤害的舰船，则能有效担任输出职责，应对敌方重甲单位。在组建纯驱逐护卫舰的快速舰队时，可以选用阋神星重炮型和卡利斯托特种型这类兼具生存与输出的舰船作为前排核心。需这些小型舰船在后期面对顶级舰队时生存压力较大，但其作为战术补充或特定环境下的主力，价值依然显著。
航空母舰与大型战列巡洋舰是后期舰队的中坚力量，其搭配直接决定了舰队的上限。CV-3000型航母因其均衡的载机能力和相对容易的获取方式，被广泛认为是泛用性首选，适合大多数场景。太阳鲸级航母则定位为顶级支援舰，其搭载的紧急维修机库和资源补给模块能大幅提升舰队的持续作战与续航能力，是大型会战的核心。列维9号航母则以强大的对舰火力著称，专精于攻坚破防。战列巡洋舰方面，经过充分改造的新君士坦丁大帝级能提供强大的前排生存与输出能力。需要明确的是，这些顶级舰船的实力高度依赖其搭载的舰载机、护航艇质量以及配套的维修支援体系，单独存在时价值有限。指挥官应根据自己的战术需求与资源情况，选择性地培养与投入这些高成本单位。
舰载机与护航艇是航母战力的直接体现，其搭配选择至关重要。舰载机中，孢子A404战斗机是获取制空权的关键，能有效拦截敌方战机与护航艇；维塔斯B010等重型攻击机则负责对舰输出。护航艇方面，蜂巢守卫者因其独特的防空与对舰综合能力而受到青睐；RB7可作为前期的过渡选择，而星脉脉冲等则提供更稳定的后期能量伤害。一个完整的航母编队需要搭载多种类型的空中单位以应对复杂局面，例如混合搭配对空、对舰及特种功能的机种。指挥官应密切关注舰载机的战损情况，当损失超过一定比例时需及时撤退维修，以保存核心航空战力。
