口袋妖怪火红二周目所在地的到达方法需要完成特定剧情条件并掌握关键道具的使用。通关一周目后，大木博士会主动上门拜访，若图鉴收集超过60种宝可梦，他将帮助升级至全国图鉴模式。前往精灵联盟会被告知冰天王科拿外出，四大天王暂时无法挑战。触发二周目剧情的核心步骤是从枯叶市乘船前往1号岛屿，与网络中心NPC对话得知需要寻找红宝石修复机器。
前往1号岛屿后需从右侧冲浪抵达光辉海岸，通过探测仪可获取隐藏道具。沿光辉之路前进至灯火山，山顶洞穴内需击败两名火箭队成员并取得红宝石。将红宝石交还给网络中心NPC后，会获得彩虹通行证并解锁七岛之间的航行权限。需前往4号岛屿，在冲浪点右侧的冰洞内使用攀瀑术到达深处，协助科拿击败火箭队成员后得知5号岛屿存在火箭队仓库。
5号岛屿的火箭队仓库需要密码才能进入，该密码需在6号岛屿的标记森林深处获取。通过水之小径抵达绿色小径后，进入记号森林击败训练家并取得蓝宝石，但会被NPC抢走并留下仓库密码。返回5号岛屿使用密码进入仓库，击败现任火箭队首领后可夺回蓝宝石并彻底瓦解火箭队势力。携带蓝宝石返回1号岛屿交付，七岛任务线即告完成。
最终阶段需返回关都地区，前往华蓝市左侧的洞穴。原看守人员已离开，使用冲浪术进入华蓝洞窟深处可遭遇70级超梦。七岛全部任务结束后，训练师之塔和战斗边疆等高级挑战区域将全面开放，二周目核心内容至此全部解锁。需注意部分神兽捕捉需要特定技能如碎岩术，且时间球在长期战斗中的捕捉效率优于高级球。
